Рождение предтечи современного ГГФ в стенах Томского госуниверситета произошло в 1933 году, когда за счет слияния геологического, географического и почвенного отделений был образован геолого-почвенно–географический факультет.

Впоследствии, в 1939 году, из него выделился самостоятельный географический факультет, а в 1948 году отошло к биологическому факультету почвенное отделение. С 1 сентября 1952 года геологический и географический факультеты были вновь объединены в геолого–географический — ГГФ; с этой даты и ведет отчет времени современный геолого–географический факультет Томского госуниверситета.

До 1930 г. подготовка специалистов геологов и географов в ТГУ была организована на физико–математическом факультете (физмате), открытом постановлением Временного Правительства от 1 июля 1917 г. в составе двух отделений: естественного и математического.
На естественном отделении были организованы географическая, минералогическая, палеонтологическая и петрографическая специальности. 29 октября 1921 г. физмат торжественно отпраздновал свой первый выпуск в составе всего 4 человек, в том числе одного — по естественному отделению. Этой первой выпускницей университета по минералогической специальности была Е.Ф. Чирва, впоследствии кандидат геолого–минералогических наук, доцент кафедры минералогии Ленинградского государственного университета.

Всего физмат ТГУ выпустил более 50 специалистов по геолого–географическому направлению, многие из которых стали известными исследователями Сибири: действительный член АН СССР, лауреат Государственной премии СССР Ю.А. Кузнецов, заслуженный деятель науки РСФСР, профессор М.В. Тронов, доктора наук О. К. Полетаева и Е. В. Шумилова, первооткрыватели месторождений Э.Д. Томашпольская и Л.М. Шорохов, палеонтологи П.С. Краснопеева и Л.Н. Краевская. В 1921 г. естественное отделение было реорганизовано в геолого–географическое, а в 1931 году, в период упразднения в университете факультетской структуры, были организованы самостоятельные географическое и геологическое отделения.

Кафедры, ведущие подготовку геологов и географов в Томском университете, организовывались в разные годы, начиная со дня открытия университета. Так, кафедра минералогии и геологии (заведующий проф. А.М. Зайцев) и минералогический музей были образованы в 1888 году в составе медицинского факультета университета. В это же время образована кафедра физики, физической географии и метеорологии (заведующий проф. Н.А. Гезехус). Начиная с 1917 года на физико–математическом факультете были созданы кафедры географии (1922 г., заведующий проф. С.И. Руденко), петрографии (1927 г., заведующий проф. Н.Н. Горностаев), исторической геологии (1929 г., заведующий проф. В.А. Хахлов). В 1931 году, в период реорганизации структуры университета, на геологическом отделении организована кафедра палеонтологии (заведующий проф. В.А. Хахлов). Остальные кафедры современного ГГФ создавались уже в составе геолого-почвенно–географического, географического и геолого–географического факультетов: 1938 г. — динамической геологии (заведующий доц. А.А. Ларищев), 1939 г. — метеорологии (заведующий доц. М.В. Тронов), 1939 г. — гидрологии (заведующий доц. Н.Н. Масленников), 1957 г. — гидрологии (открыта повторно, заведующий доц. А.И. Марусенко), 1974 г. — охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов (заведующий проф. И.П. Лаптев), 1997 г. — краеведения и туризма (заведующий проф. П.А. Окишев). На кафедрах геолого–географического факультета развиваются научные школы и научных направлений мирового уровня, создатели которых известны далеко за пределами факультета, университета и Сибири — профессорами И.К. Баженовым, А.Я. Булынниковым, И.П. Лаптевым, М.В. Троновым, В.А. Хахловым.

Начиная с организации в Томском университете геолого-почвенно–географического факультета в 1933 году, ношу декана несли профессор В.А. Хахлов, доцент А.М. Кузьмин(и.о. декана в 1933–1934 гг.), профессор И.К. Баженов, профессор Г.Г. Григор*, доцент Н.А. Нагинский*, доцент З.П. Коженкова*, доцент Д.А. Васильев, доцент Л.Н. Ивановский, доцент М.П. Кортусов, профессор А.Р. Ананьев, доцент В.В. Хахлов, профессор А.И. Родыгин, профессор И.А. Вылцан, доцент Ю.В. Индукаев, профессор А.И. Гончаренко.

В настоящее время факультет возглавляет доцент Г.М. Татьянин.