Это одна из старейших кафедр Томского университета и первая кафедра геологического профиля к востоку от Урала. Основана в мае 1888 года как кафедра Минералогии и геологии на Медицинском факультете Томского Императорского университета. Первый заведующий кафедрой профессор А.М. Зайцев. В 1889 году при кафедре был создан Минералогический музей. В последствие переименована в кафедру минералогии и кристаллографии, а затем, в кафедру минералогии и геохимии.