20 сентября 1923 г. Президиум физико–математического факультета Томского университета удовлетворил заявление Е.Ф. об отчислении ее из числа сотрудников факультета в связи с избранием ее преподавателем Петроградского университета. В октябре 1923 г. привлечена на кафедру минералогии Петроградского университета сначала в качестве аспиранта, а затем — в качестве ассистента, что было связано с крайней нехваткой преподавательских кадров в послевоенное время. В 1930 г. назначена доцентом кафедры минералогии. В 1935 г. Е. Ф. Чирва присвоена степень кандидата геол.–минерал. наук без защиты диссертации и ученое звание доцента.

В 1942 г., после эвакуации Ленинградского университета в Саратов, Е.Ф. осталась в Ленинграде для наблюдения за имуществом геологического факультета. Уже тяжело больная, организовала агро–почвенную лабораторию. Геологический факультет и кафедра минералогии обязаны ей спасением от гибели многочисленного научного и учебного оборудования и музейных коллекций.

В 1944 г., после возвращения университета из Саратова, Е.Ф. продолжила педагогическую работу на кафедре минералогии, где в то время числились только три преподавателя: профессор Курбатов, доценты Чирва и Солодовникова. Екатерина Федоровна проработала на кафедре минералогии ЛГУ 28 лет, никогда нигде не совместительствуя и всю себя отдала кафедре, не считаясь ни со временем, ни с состоянием своего здоровья. Она несла большую педагогическую нагрузку, читая лекции и ведя практические занятия со студентами разных специальностей. Много времени и труда отдавала она также ведению хозяйства кафедры. Состояние ее здоровья не позволяло участвовать в полевых экспедициях. Главным образом Е.Ф. занималась изучением минералогии широкого спектра месторождений: везувиана из Ахматовской и Николае–Максимилиановской копей Урала, минералов зоны окисления Березовского месторождения, апатитов Карелии, лопарита Хибинской тундры, хлоритов Хакасии и многих других. Е.Ф. подготовлены и частично опубликованы сводки по некоторым минералам территории СССР (пироморфит, ванадинит, церуссит, вульфенит). Последние годы жизни Е.Ф. много работала по созданию определителя минералов на основании их люминесцентных свойств.

6 января 1951 года, после тяжелой и продолжительной болезни, Екатерина Федоровна скончалась.