Научно–исследовательская лаборатория геокарт была создана на геолого–географическом факультете в декабре 2000 года и является самостоятельным межкафедральным структурным подразделением. Лаборатория призвана обеспечивать качественное прохождение учебных, производственных и научно-исследовательских практик студентами факультета. Источник финансирования лаборатории – субсидии на финансовое обеспечение выполнения Государственного задания из федерального бюджета. Работы выполняются в целях реализации подпрограммы "Минерально–сырьевые ресурсы" федеральной целевой программы "Экология и природные ресурсы России", утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации. 
При проведении геолого-съёмочных работ сотрудники НИЛ геокарт используют самые новейшие технологии и научные достижения. Геологосъёмочные работы проводятся в соответствии с требованиями и инструкциями по составлению геологических карт, разработанными институтами и подразделениями «Роснедра». В распоряжении коллектива имеются Региональные стратиграфические схемы и Схемы магматизма, являющиеся основой для создания современной Государственной геологической карты РФ.
Исследования, проводимые лабораторией, имеют не только научное значение но и решают важнейшие прикладные задачи в рамках обеспечения экономической безопасности РФ.
За время существования лаборатории коллективом проделан значительный объём работ. Пройдены тысячи километров маршрутов, составлены сотни километров детальных разрезов, пробурены километры поисковых и картировочных скважин, отобраны десятки тонн образцов и проб. Общая площадь, покрытая геологической съёмкой, составила около 30 000 квадратных км, что превышает площади таких государств, как Армения или Молдавия. Составлены паспорта перспективных рудных объектов с прогнозными ресурсами по категории Р3 (по золоту – 164 т, по молибдену – 88 000 т, по титану – 38 млн. т, по железным рудам – 210 млн. т). Все полученные результаты рассмотрены региональным экспертным советом, апробированы и утверждены научно-редакционным советом «Роснедра» и учтены Госбалансом.
Только в пределах восточного склона Кузнецкого Алатау за последние 10 лет коллективом лаборатории установлены два новых интрузивных комплекса и одна ассоциация интрузивных пород, детально охарактеризованные с позиций петрологии и геохимии, получившие серьёзную изотопную характеристику и отдатитрованные U-Pb методом по цирконам (SHRIMP-2). Уточнены состав, строение и возраст, целого ряда стратиграфических подразделений.
За весь период существования лаборатории в качестве сотрудников прошли производственные и научно-исследовательские практики более 300 студентов факультета. Студенты, принимающие участие в работах НИЛ геокарт, получают навыки ведения геологических маршрутов с документацией маршрутных наблюдений с применением планшетов в программном обеспечении SHERPA с одновременным ведением необходимых баз данных, проходят обучение составлению и оформлению детальных разрезов. В ходе работ проводится опробование пород и руд на различные методы лабораторных исследований: изотопные – U-Pb метод SHRIMP-II (изотопное датирование по цирконам), Rb-Sr и Sm-Nd); геохимические методы – ICP MS; силикатный анализ; полуколичественный спектральный анализ донных проб (ПКСА); палеонтологические и микропалеонтологические методы. При выполнении государственной геологической съёмки масштаба 1:200 000 параллельно осуществляется процесс обучения студентов практике организации и проведения геологических работ. В камеральный период осуществляется обработка аналитических данных, составление геологических карт комплекта, уточнение серийной легенды и оценка перспектив территории в отношении полезных ископаемых.
Выполнены работы по государственному контракту с Министерством природных ресурсов РФ «ГДП–200 листа О–45–XXXI (Междуречная площадь) (полигонный для Томского государственного университета)". Материалы защищены на Региональном экспертном совете в г. Новосибирске и на Научно-редакционном совете во ВСЕГЕИ в Санкт-Петербурге. Комплект государственной геологической карты с объяснительной запиской подготовлены к изданию в апреле 2007 года и изданы в 2008 году.
Проведены работы по объекту "ГДП–200 листа N–44–XVIII (Черепановская площадь). Материалы рассмотрены Научно-техническим советом Департамента по недропользованию по Сибирскому федеральному округу и Сибирским региональным экспертным советом. Объяснительная записка и комплект Государственной геологической карты масштаба 1 : 200 000 приняты Научно-редакционным советом ВСЕГЕИ изданы в печати. В период с июня 2008 г. по декабрь 2010 г. выполнены работы по объекту «ГДП-200 листа N-45-XXIV (Усинская площадь)», а с 2011 по 2012 годы выполнены работы по объекту «Составление и подготовка к изданию Госгеолкарты-200 листа N-45-XXIV (Балыкса)». С 2013 по 2015 годы проведены работы по объекту «ГДП-200 листа N-46-XIX (Уйбатская площадь)». Работы завершены изданием Государственной геологической карты масштаба 1:200 000 N-46-XIX (Усть-Бюрь) и объяснительной записки к карте.
С 2015 года все региональные работы проводятся в в составе объектов ФГБУ «ВСЕГЕИ». Основанием проведения работ является Государственное задание на текущий период. За этот период до 2018 года проведены работы на Таштыпской площади, завершившиеся изданием комплекта Государственной геологической карты масштаба 1 : 200 000 листа N-45-XXХ (Таштып).
С 2019 года выполняются геолого-съемочные работы в пределах листа N-45-XII (Копьевская площадь) в составе объекта ФГБУ «ВСЕГЕИ»: «Проведение в 2021-2023 годах региональных геолого-съемочных работ масштаба 1:200 000 на группу листов в пределах Сибирского федерального округа». Основанием проведения работ является Государственное задание №049-00016-21-00 от 14.01.2021г. на 2021 год и на плановый период 2022 и 2023 годов. Источник финансирования – субсидии на финансовое обеспечение выполнения государственного задания из федерального бюджета.
Лаборатория оснащена современной компьютерной техникой с соответствующим програмным обеспечением. На средства, полученные в ходе выполнения работ по государственным контрактам с МПР РФ, за счёт плановых накоплений приобретены компьютеры, сервер, принтеры, плоттеры, сканеры, приборы спутниковой навигации, планшеты, спутниковые телефоны. Факультетом, в качестве помощи, был выделен современный микроскоп LEICA DM 750R.
В настоящее время лаборатория оснащена (практически) всем необходимым оборудованием для проведения работ на самом современном уровне, имеет собственный автомобильный (УАЗ и ГАЗ-66) и речной транспорт, современные средства спутниковой связи и радиосвязи, современные приборы спутниковой навигации и всё необходимое оборудование и снаряжение для проведения экспедиционных работ.